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    <title>Atomsk - Mode fonction de distribution radiale - Pierre Hirel</title>
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<h2>Mode : fonction de distribution radiale</h2>

<h4>Syntaxe</h4>

<p><code>atomsk --rdf &#60;fichierliste&#62; &#60;dR&#62; [options]</code></p>

<h4>Description</h4>

<p>Dans ce mode Atomsk calcule la ou les fonction(s) de distribution radiale (radial distribution function, RDF) des systèmes contenus dans le &#60;fichierliste&#62;.</p>

<p>L'analyse est faite pour toutes les "peaux" [R;R+dR] où R varie de 0 jusqu'à &#60;R<sub>max</sub>&#62;, et est moyennée sur tous les atomes (moyenne spatiale). Le rayon maximal &#60;R<sub>max</sub>&#62; et l'épaisseur &#60;dR&#62; de la "peau" doivent être fournis (en &Aring;). Le rayon maximal &#60;R<sub>max</sub>&#62; peut être supérieur à la taille du système.</p>

<p>Le &#60;fichierliste&#62; doit contenir une liste de fichiers à traiter, chacun de ces fichiers contenant une configuration d'une simulation en dynamique moléculaire par exemple. La fonction de distribution radiale finale est moyennée sur toutes ces configurations, autrement dit il s'agit d'une moyenne spatiale et temporelle.</p>

<p>Si les systèmes contiennent plusieurs espèces chimiques alors les fonctions de distribution radiale partielles sont calculées. Par exemple si des atomes A et B existent, alors Atomsk calculera les fonctions de distribution des atomes A autour des atomes A, de B autour de A, et B autour de B.</p>

<p>Après le calcul les fichiers suivants sont produits (&#60;A&#62; et &#60;B&#62; sont remplacés par les symboles atomiques) :</p>

<ul>
  <li><strong>*_rdf_&#60;A&#62;&#60;B&#62;.dat</strong>: fichiers contenant les fonctions de ditribution radiale des atomes B autour des atomes A en fonction de la distance.</li>
</ul>

<p>Si ce mode est appelé avec une ou plusieurs <a href="./options.html">options</a> alors elles seront appliquées au système <em>avant</em> le calcul des fonctions de distribution.</p>


<h4>Exemples</h4>

<ul>
<li><code class="command">atomsk --rdf liste.lst 16 0.2</code>
<p>Ceci calculera les fonctions de distribution radiale pour tous les systèmes contenus dans <code>liste.lst</code>, de 0 à 16 &Aring;, en utilisant un pas dR=0.2 &Aring;.</p></li>

</ul>

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